- Odjel za oplemenjivanje i genetiku strnih žitarica
- Odjel za oplemenjivanje i genetiku kukuruza
- Odjel za oplemenjivanje i genetiku industrijskog bilja
- Odjel za oplemenjivanje i genetiku krmnog bilja
- Odjel za voćarstvo
- Odjel za sjemenarstvo
- Odjel za poljoprivrednu tehniku i melioracije
- Agrokemijski laboratorij
U sklopu Službe općih poslova nalaze se Knjižnica i Arhiva Instituta. Organizacijski Službi po Statutu pripada i ravnatelj Instituta.
Službu općih poslova čini 13 djelatnika od kojih je: 1 doktor znanosti, 4 djelatnika VSS, 1 djelatnik VŠS, 6 djelatnika SSS i 1 NKV djelatnik.
Ravnatelj Instituta i rukovoditelj službe I. vrste financiraju se iz sredstava Državnog proračuna, a ostali djelatnici iz vlastitih prihoda Instituta.
Osnovna zadaća Službe je obavljanje pravnih, općih, administrativnih, tehničkih i svih drugih općih poslova za potrebe Instituta, ministarstava, državnih i drugih institucija. U Službi se obavljaju poslovi izrade nacrta Statuta, Pravilnika i drugih općih akata te prijedloga ugovora i drugih dokumenata koji su značajni za uređivanje pojedinih pitanja u vezi s djelatnošću Instituta. Služba općih poslova brine o rješavanju imovinsko pravnih poslova, prati zakonske propise, daje pravna mišljenja i tumačenja propisa, izrađuje i podnosi prijave za upis u sudski registar i druge registre i upisnike, surađuje s ostalim zaposlenicima i znanstvenicima u organiziranju stručnih i općih poslova vezanih uz program trajne znanstvenoistraživačke djelatnosti Instituta, vodi zapisnike na sjednicama Znanstvenog i Upravnog vijeća Instituta, vodi brigu o zakonskoj regulativi i provedbi postupaka javne nabave, vodi kadrovsku evidenciju i obavlja administrativne kadrovske poslove, vodi urudžbeni zapisnik i obavlja poslove u vezi sa zaprimanjem, slanjem i evidencijom pošte, vodi evidenciju putnih računa, te dostavlja statističke podatke i druge izvještaje u vezi sa zaposlenicima. Služba općih poslova kontrolira i nadzire primjenu propisa iz područja zaštite na radu i zaštite od požara, te čuvanja i pohrane arhivske građe Instituta. Također, zadaća Službe općih poslova je briga o razvoju i ispravnosti rada informatičkog sustava ustanove: upravljanju i održavanju mrežnih poslužitelja, pružanju aplikativne i sistem inženjerske podrške korisnicima kroz segmente poslovno proizvodnog procesa te prezentacija Instituta na mrežnoj stranici.
Osnovni cilj rada Knjižnice je informacijska podrška znanstvenoistraživačkom radu naših korisnika, prvenstveno djelatnika Instituta.