Ravnatelj organizira i vodi cjelokupan rad i poslovanje Instituta. Izabira ga i imenuje Upravno vijeće Instituta.

Ravnatelj izvršava odluke Upravnog vijeća, imenuje i razrješava predstojnike i rukovoditelje, predlaže unutarnje ustrojstvo Instituta, predlaže opće akte Instituta Upravnom vijeću, provodi opće akte Instituta i donosi upute u svezi s tim,  podnosi Upravnom vijeću izvještaj o godišnjem obračunu, daje Upravnom vijeću prijedloge i mišljenja o pojedinim pitanjima, odlučuje o zasnivanju i prestanku radnog odnosa zaposlenih u skladu sa zakonom, odlučuje o pravima iz radnog odnosa u prvom stupnju, predstavlja i zastupa Institut, odgovara za zakonitost rada, predlaže raspodjelu dobiti, zastupa Institut  u svim postupcima pred sudovima, upravnim i drugim državnim tijelima, daje pisanu punomoć drugim osobama da zastupaju Institut  u pravnom prometu, određuje osobe ovlaštene za potpisivanje financijske i druge dokumentacije, daje suglasnost za prijavu na natječaj za projekte, obavlja i druge poslove utvrđene ovim Statutom i drugim općim aktima Instituta.

Dr. sc. Zvonimir Zdunić izabran je prvi puta za ravnatelja Poljoprivrednog instituta Osijek odlukom Upravnog vijeća Instituta od 10.08.2009. godine. Na dužnost ravnatelja stupio je dana 01.10.2009. godine, na mandatno razdoblje od četiri godine. Odlukom Upravnog vijeća Instituta od 02.08.2013. godine izabran je za ravnatelja Poljoprivrednog instituta Osijek te stupio na dužnost 01.10.2013. godine na mandatno razdoblje od četiri godine. Upravno vijeće Instituta je dana 07.07.2017. godine donijelo odluku kojom je dr. sc. Zvonimira Zdunića izabralo za ravnatelja Instituta tijekom novog mandatnog razdoblja u trajanju od četiri godine, te je dr. sc. Zvonimir Zdunić stupio na dužnost ravnatelja od 01.10.2017. godine.

Dr. sc. Zvonimir Zdunić rođen je 15.03.1970. godine u Osijeku gdje je završio osnovnu školu i matematičku gimnaziju. Godine 1994. završio je Poljoprivredni fakultet Osijek s prosječnom ocjenom studija 4,64. Poslijediplomski studij završio je na Agronomskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu gdje je magistrirao 1998. i doktorirao 2001. godine s prosječnom ocjenom poslijediplomskog studija 5,0 i time postao u svojoj struci najmlađi doktor znanosti u R. Hrvatskoj. Postdoktorsku specijalizaciju iz područja oplemenjivanja i genetike kukuruza obavio je 2003. godine u Sjedinjenim Američkim Državama na Iowa State University, Department of Agronomy.

Kao najbolji student Poljoprivrednog fakulteta Osijek dobitnik je Rektorove nagrade za 1994. godinu. Kao izvrstan student dobitnik je i stipendije Ministarstva znanosti i tehnologije (za školsku godinu 1993./94.) te stipendije Ministarstva prosvjete, kulture i športa (za školsku godinu 1992./93.).

Dr. sc. Zvonimir Zdunić zaposlen je na Poljoprivrednom institutu Osijek od 01.03.1995. godine na Odjelu za oplemenjivanje i genetiku kukuruza. Aktivno je radio na programu Ministarstva znanosti i tehnologije „Oplemenjivanje poljoprivrednih kultura u Slavoniji” i temi „Stvaranje populacija, linija i hibrida kukuruza”. Od 2002. do 2006. godine bio je suradnik na projektu „Stvaranje i poboljšavanje populacija, linija i hibrida kukuruza”. Odlukom Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa od 2. siječnja 2007. godine imenovan je voditeljem znanstvenog projekta „Identifikacija megaokolina u oplemenjivanju kukuruza”. Sve dosadašnje izbore u stručna i znanstvena zvanja prošao je sa znatno većim brojem bodova od potrebnih,  te je 2008. godine izabran u znanstveno zvanje znanstveni savjetnik, a 2009. godine u znanstveno–nastavno zvanje docent te je izabran 2014. godine u izvanrednog profesora.

Do sada je objavio 12 znanstvenih radova iz skupine a1, 14 znanstvenih radova iz skupine a2, 3 znanstvena rada iz skupine a3, 5 znanstvenih radova u međunarodnim i nacionalnim časopisima koji nisu indeksirani u skupinama a1, a2, a3, 14 znanstvenih radova u zbornicima radova s domaćih znanstvenih skupova te 5 sažetaka koji su objavljeni u zbornicima sažetaka s međunarodnih skupova. Tijekom rada na Institutu sudjelovao je na više znanstvenih skupova u zemlji i inozemstvu (Finska, Mađarska, Grčka, Nizozemska, Rumunjska, Turska i dr.). U programima oplemenjivanja i genetike kukuruza stvorio je kao koautor više od 30 komercijalnih hibrida kukuruza registriranih u zemlji i inozemstvu.

Od 01.04.2006. godine obnašao je dužnost pomoćnika ravnatelja za međunarodnu suradnju gdje je uspostavio niz komercijalno uspješnih poslovnih suradnji sa zemljama Europske unije (Mađarska, Belgija, Slovačka, Slovenija), zemljama regije (Bosna i Hercegovina, Srbija, Kosovo, Makedonija) te zemljama Azije (Turska, Iran, Kazahstan).

Dr. sc. Zvonimir Zdunić najmlađi je i tek četvrti po redu ravnatelj Poljoprivrednog instituta Osijek nakon II. svjetskog rata.