Znanstveno vijeće Instituta je znanstveno i stručno tijelo Instituta, a čine ga znanstvenici u znanstvenim zvanjima, svi odgovorni nositelji  programa i tema trajne znanstvene djelatnosti te predstavnici suradnika i znanstvenih novaka izabranih u zvanje asistenta i višeg asistenta. Predstavnici suradnika i znanstvenih novaka biraju se u Znanstveno vijeće na sjednicama koje saziva predsjednik vijeća, tako da se na svakih do pet istraživača izabranih u odgovarajuće zvanje bira po jedan predstavnik. Znanstveno vijeće bira predsjednika iz redova svojih članova. Mandat predsjednika Znanstvenog vijeća traje dvije godine, a ista osoba može biti birana za predsjednika Znanstvenog vijeće dva mandata (četiri godine).

Znanstveno vijeće utvrđuje i provodi znanstvenu politiku Instituta te znanstvene djelatnosti na Institutu, raspravlja i odlučuje o znanstvenim i stručnim pitanjima, provodi postupke izbora za znanstvena, suradnička i stručna zvanja i znanstvena radna mjesta, te imenuje Povjerenstvo za provođenje izbora, imenuje i razrješava člana Upravnog vijeća Instituta u skladu sa Statutom, predlaže raspisivanje natječaja za znanstvenike i suradnike, predlaže Upravnom vijeću kandidate za Natječajni odbor za izbor ravnatelja Instituta, daje Upravnom vijeću Instituta prethodno mišljenje o donošenju Statuta, razmatra prijedlog Pravilnika o unutarnjem ustrojstvu i ustrojstvu radnih mjesta Instituta, razmatra prijedlog Pravilnika o radu Instituta, predlaže Upravnom vijeću Pravilnik o uvjetima i načinu izbora na znanstvena, stručna i suradnička radna mjesta, donosi Poslovnik o radu Znanstvenog vijeća, raspravlja o prijemu, izobrazbi i usavršavanju znanstvenog podmlatka, podnosi ravnatelju prijedlog suglasnosti za prijavu projekata na natječaj, predlaže i raspravlja o opravdanosti nabave znanstvene opreme, obavlja i druge poslove koji proizlaze iz zakona, općih akata Instituta ili koje mu povjeri Upravno vijeće Instituta.

Članovi Znanstvenog vijeća:

  1. Dr. sc. Marko Josipović, predsjednik Znanstvenog vijeća
  2. Dr. sc. Zvonimir Zdunić
  3. Dr. sc. Georg Drezner
  4. Dr. sc. Alojzije Lalić
  5. Dr. sc. Tatjana Ledenčan
  6. Dr. sc. Sonja Grljušić
  7. Dr. sc. Aleksandra Sudarić
  8. Dr. sc. Anto Mijić
  9. Dr. sc. Ivica Liović
  10. Dr. sc. Tomislav Duvnjak
  11. Dr. sc. Antun Jambrović
  12. Dr. sc. Domagoj Šimić
  13. Dr. sc. Daniela Horvat
  14. Dr. sc. Dario Novoselović
  15. Dr. sc. Marijana Tucak
  16. Dr. sc. Tihomir Čupić
  17. Dr. sc. Luka Andrić
  18. Dr. sc. Branimir Šimić
  19. Dr. sc. Gordana Šimić
  20. Dr. sc. Valentina Španić
  21. Dr. sc. Krešimir Dvojković
  22. Dr. sc. Josip Brkić
  23. Dr. sc. Marija Viljevac Vuletić
  24. Dr. sc. Andrija Brkić
  25. Dr. sc. Ivan Abičić
  26. Dr. sc. Hrvoje Plavšić
  27. Dr. sc. Goran Krizmanić
  28. Dr. sc. Ivica Beraković
  29. Dr. sc. Ines Mihaljević
  30. Dr. sc. Maja Matoša Kočar
  31. Dr. sc. Maja Mazur
  32. Dr. sc. Vesna Tomaš
  33. Dr. sc. Vlatko Galić
  34. Dr. sc. Antonela Markulj Kulundžić
  35. Dr. sc. Krunoslav Dugalić
  36. Dr. sc. Ivana Plavšin
  37. Lovro Vukadinović