Poljoprivredni institut Osijek je ustrojen od sljedećih ustrojstvenih jedinica:
1. Odjel za oplemenjivanje i genetiku strnih žitarica
2. Odjel za oplemenjivanje i genetiku kukuruza
3. Odjel za oplemenjivanje i genetiku industrijskog bilja
4. Odjel za oplemenjivanje i genetiku krmnog bilja
5. Odjel za voćarstvo
6. Odjel za sjemenarstvo
7. Odjel za poljoprivrednu tehniku i melioracije
8. Odjel – Agrokemijski laboratorij
9. Služba općih poslova
10. Financijska služba
11. Radna jedinica Sjemensko dobro