Poljoprivredni institut Osijek je ustrojen od sljedećih ustrojstvenih jedinica:

  1. Odjel za oplemenjivanje i genetiku strnih žitarica
  2. Odjel za oplemenjivanje i genetiku kukuruza
  3. Odjel za oplemenjivanje i genetiku industrijskog bilja
  4. Odjel za oplemenjivanje i genetiku krmnog bilja
  5. Odjel za voćarstvo
  6. Odjel za sjemenarstvo
  7. Odjel za poljoprivrednu tehniku i melioracije
  8. Odjel – Agrokemijski laboratorij
  9. Služba općih poslova
  10. Financijska služba
  11. Radna jedinica Sjemensko dobro